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GoboLinux Version 012 wartet mit einem neuen, quelltextbasierten Kompilierungssystem namens Compile auf. Zudem nutzt die neue Version standardmaessig den Linux-Kernel 2.6.11.9 sowie den neuen XServer der X.org-Foundation. Kern von GoboLinux 012 ist aber das neue System "Compile". Ähnlich wie das bei Gentoo genutzte Portage lädt Compile Quelltext-Pakete herunter, um diese dann auf dem Zielsystem zu kompilieren und anschließend zu installieren. Das Ganze kann mit einem einzelnen Befehl erledigt werden, um alles andere kümmert sich Compile, das dabei auf so genannte "Rezepte", Scripte, die die zur Übersetzung notwendigen Informationen enthalten, zurückgreift. Compile lädt die Software dabei von den Servern der jeweiligen Projekte herunter, die eigenen Server von GoboLinux halten lediglich die "Rezepte" bereit. Darüber hinaus werden so genannte GoboLinux-Style-Abhängigkeiten unterstützt, so dass auch Software, die der User per Hand übersetzt, in die Paketverwaltung einbezogen werden kann. Zudem sollen auch "Rootless-Installationen" von Software möglich sein, d.h. Applikationen können im eigenen Heimatverzeichnis installiert werden, spezielle Rechte werden zur Installation dann nicht benötigt. Die Compile-Rezepte wurden dabei möglichst minimalistisch gehalten, so dass auch bei einer großen Zahl von Rezepten eine Pflege des Systems machbar bleibt. Derzeit sind rund 500 Rezepte verfügbar. GoboLinux unterscheidet sich aber noch in einem weiteren Punkt grundlegend von anderen Linux-Distributionen - GoboLinux nutzt eine gänzlich andere Verzeichnisstruktur. Programme finden sich dabei beispielsweise in Verzeichnissen wie /Programs/Xorg/6.8.1/ oder /Programs/KDE/3.4.0. Das Unix-typische Verzeichnissystem wird aber über symbolische Links unterstützt. Allerdings kommt GoboLinux auf diese Weise ohne komplexes Paketmanagement aus, da jedes Programm in einem eigenen Verzeichnis zu finden ist. GoboLinux wird von einer Live CD installiert, die auch allein lauffähig ist und ein vollständiges Desktop-System samt KDE und OpenOffice.org enthält. Dank der eigenwilligen Verzeichnisstruktur können Applikationen direkt von der CD genutzt oder in ein Verzeichnis auf der Festplatte kopiert werden.
Bei der Abbildung handelt es sich um die bedruckte CD Version
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